1、出身
Java本来的设计初衷是为了家用消费电子产品开发一个分布式代码系统；PHP就是为了互联网的应用而生的。
2、系统的技术架构比较
PHP：分层是将系统进行有效组织的方式，分而治之的思想是计算机领域中非常重要的思想。在好的分层思想引导下，便能实现“高内聚、低耦合”，也能将具体的问题割裂开来，易于控制、易于延展，更易于分配资源。
采用PHP语言开发，可以完美的实现多层架构分布 的分层思想引导下，便能实现“高内聚、低耦合”，也能将具体的问题割裂开来，易于控制、易于延展，更易于分配资源。
JAVA：Gutmans 在前年发表过一篇文章，其中也阐述了多核环境中多线程（JVM）与多进程（LAMP）的比较。其中就提到了多核系统非常适合LAMP架构的多进程方式。
随着芯片业现在把主要精力都放在了多核而不是超线程技术上，JVM这样的多线程环境的优点在今天的硬件上将无法充分发挥。而多进程方式将提供更多稳定性和可靠性。
3、数据库访问比较
PHP可编译成具有与许多数据库相连接的函数。将自己编写外围的函数 去间接存取数据库。通过这样的途径当更换使用的数据库时，可以轻松地修改编码以适 应这样的变化。同时现在的PHP提供了数据库统一接口，对Oracle,MySQL,SQL2000等不同数据库的访问都可以通过桥来完成，而不用考虑数据库接口方面问题。
Java是通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动访问数据库，而没有特别的针对性优化。如果同样是将开发的web应用从MYSQL数据数转到ORACLE数据，PHP通过PDO的接口，几乎不用做程序方面的修改，而Java开发的需要一定的的更改才能实现。
数据库访问方式的差异，奠定了PHP开发出的电子商务软件和Java开发出来的电子商务软件是2个时代的差距，Java是传统的一代，PHP却是新科技发展的成果，PHP不仅能够包容万物而且速度上稳步提升，效率比Java强悍的多。这一回合，Java稍逊风骚。
4、安全性对比
开源是安全的最大优势，LIUNX 就是一个非常成功的佐证。PHP的开发程序在别人拿到代码后，可以很容易的进行修改。而Java开发的程序由于无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好 的类文件.class，所以底层架构的诸多隐患都无法提前预知，一旦发生灾难性的错误，后果必将及其严重。
而PHP如果想要加密代码，也可以使用Zend 公司的权威产品zend guard 进行加密，以保证产品的知识产权。如果非要将PHP和Java在安全性上做个比较的话，只能说伯仲之间，如果出差距，也是由开发程序员的水平来决定的。这 一回合，两者依旧平分秋色。
5、互联网应用方向上的前瞻性和拓展性
从整体来说，PHP适用于互联网应用，而Java语言设计之初，并不是以WEB为中心，而是以通用服务为中心。PHP能够将互联网的应用发挥到淋漓尽致，Java在通过标准的或者非标准的一些框架在迎合WEB应用的需求。首先，PHP对于大型系统负载方面，可以采用分布式部署。将数据库、应用逻辑层和表示逻辑层彼此分开，并将同层的根据流量分开。PHP在这个方面做的非常优异。
Java也可以通过Class和EJB 获得规模支持，通过EJB/CORBA以及众多厂商的ApplicationServer获得结构支持。而与即有老的Java或者.NET 应用程序通讯方面，PHP可以通过即有的API接口进行通讯。至于数据的通讯所使用的数据无非也都是XML,JSON等。其实Java已经在企业级E化和关键业务应用中根深叶茂，但是在Web应用上，Java语言市场份额急剧下降,颓势尽显。
6、开发及后续维护成本比较
既然PHP在互联网应用诸多方面都强于Java，那么Java开发出的电子商务产品何以与PHP产品竞争呢?这在于Java阵营普遍走的是政府路线， 而PHP阵营走的是全民路线。 PHP的入门门槛较低，但是任何方面成为高手，都是万里挑一。绝大多数学过c的程序员都很容易转型为PHP程序员，这使得PHP程序员如同国球一样普及，同样更是高手如云，高质量的PHP软件产品也层出不穷。相比较而言，JAVA的成本远高于PHP。
7、产品化程度
用Java做开发，几乎没有一个程序员会从底层写起，因为都是即有封装的类。这其实是导致Java很难产品化的一个重要原因。因为几乎所有的程序员 可以做的都是比较浅层的应用开发。而就Java的类而言，放到互联网上，那只有一个沉重可以形容。
随着大多数业务应用程序包括 CRM、ERP、报表、文档管理等等也都转向了Web，放眼望去，PHP的产品，琳琅满目，在互联网应用方面，可以负责的说， 涵盖率在99%以上。虽然众多产品的质量也是参差不齐，但是每个方向及领域都是有那么一些代表产品的。
产品化程度是直接佐证了工业化程度的一个重要数据。不能工业化的工具，其实其本身是有着非常大的悲哀的。
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